Не забивай себе голову, смело ставь ext4. У нее улучшен встроенный механизм препятствующий фрагментации и увеличена производительность, также поддерживает О-О-очень большие диски. Больше чем ext3 :-)
Если хочется загрузить голову читай
http://xgu.ru/wiki/ext4