Serberg, смею предположить, что можно заставить Апач писать в Лог все свои действия (
http://www.xakep.ru/post/23140/default.asp), И далее посекундным анализом вычислить обращение к каким файлам у апача происходит в момент максимальной загрузки процессора.
Может кто еще что предложит.