Also17, больше никаких вариантов нет. Система такая. Скрипт генерирует сайтмап в папку uploads. Через реврайты файл определяется в корне сайта. Если поисковику написать адрес сайта как
http://site.ru/uploads/sitemap.xml - то можешь смело забыть про индекс сайта, т.к. индексироваться будут только все страницы в пределах папки uploads. Поэтому файл сайтмапа должен лежать в корне, чтобы индексировались страницы в пределах корня сайта (т.е. все).
Тут вариантов быть не может. Либо сайт мап не пишется из-за недостаточных прав, либо реврайт не работает, либо реврайт не прописан в .htaccess.