Злой, нашел в интернете норамльную команду которая заставляет упаковывать файл кодеом x264. Выглядит она вот так:
Код:
ffmpeg -i имя-входного-файла.avi имя-выходящего-файла.mp4 -vcodec libx264 -acodec libfaac -f mp4
Проверил, работает. Качество получается отвратительное.