У меня тоже при скачивании файла выдавало 404ю ошибку, т.к. путь выглядел так: http://мой_сайт/"ссылка на файл" - т.е. добавлялись лишние кавычки.. (ссылка на файл была, естественно, локально типа "upload/track.mp3")
починилось следующим образом:
в скрипте замены строку
- document.write("<li><a href="" + arru[i-1] + "">"+ arrn[i-1] +"</a></li>")
заменил на - document.write("<li><a href=" + arru[i-1] + ">"+ arrn[i-1] +"</a></li>")
т.е. убрал кавычки при создании адреса.. после этого у меня все заработало и файлы стали скачиваться.. может кому поможет :)