Вобщем-то при обновлении на новую версию замена обязательна!
http://www.bormotuhi.net/krfilesmana...&dlfileid=2260
Если версия VB не меняется, а обновлением лишь расширяется forum до suite, то имеющиеся (модифицированные или измененные) файлы на сервере (хосте) заменять на дефолтные не обязательно. Т.е. если такая папка upload уже была залита - еще раз заливать ее не нужно.