Процесс примерно на уровне обычного обновления
http://www.bormotuhi.net/krfilesmana...&dlfileid=2260
Только ты скрипт заменяешь и следуешь инструкциям. База как раз будет апгрейдится. Стили все заново, хаки все заново (не забудь их кстати перед обновлением удалить).