У меня такая же проблема. Сайчас запилил форум. пока без сайта.
Когда перехожу по:
http://сайт.ru/forum/ открывается окно со всеми файлами на фтп в данной папке. Приходится вручную вводить
http://сайт.ru/forum/index.php
Тоже самое, кстати и с главной страницей сайта
http://сайт.ru/ . Тоже показывает файлы в данной папке. Помогите пожалуйста с проблемой.