OOOvniz, у меня те-же грабли. Я тоже думал что загрузочный у меня один диск, но после установки Ubuntu оказалось что я ошибался... Одно дело куда он поставил файлы и совсем другое - куда он кинул загрузчик. Выбрать место куда ставится загрузчик можно на 8-м шаге мастера установик Ubuntu ткнув в
Дополнительно...
По умолчанию загрузчик устанавливается на
/dev/sda , а в моем случае надо на
/dev/sdb