Что то я проблем не счет пробива защиты движка пока не наблюдал и о них никто не писал. Наверно пока дыр нет.. ) Доступ к папкам блокируется на уровне апача, можно поставить дополнительный пароль например.
http://www.php-adminka.ru/?id=14
http://www.bormotuhi.net/showthread.php?t=8103