для CentOS делаю примерно так (врядли принципиальная разница есть):
wget
http://downloads2.ioncube.com/loader..._x86-64.tar.gz
(или wget
http://downloads2.ioncube.com/loader...net_x86.tar.gz если x32)
tar xf ioncube_loaders_lin_x86-64.tar.gz
mv ioncube /usr/local
php -v (проверяем версию пыхи)
nano /etc/php.ini
в файл суем:
[Zend]
zend_extension = /usr/local/ioncube/ioncube_loader_lin_5.x.so
zend_extension_ts = /usr/local/ioncube/ioncube_loader_lin_5.x_ts.so
вместо 5.х впиши свою версию пыхи. если прописано подключение Zend Optimizer, то подключение ионкуба должно быть выше (раньше) в php.ini
рестаруй апач
потом php -v и смотрим подключился ли ионкуб, оно должно написать что-то типа
with the ionCube PHP Loader 4.0.1