Тот кто плохо понимает в iphone думаю не совсем будет понятен твой вопрос... т.е его вообще никто не поймет...
Есть софт который я установил через Cydia или Installous.
Это 2 разных вида софта... через сидию ты ставишь .deb - Debian Packages, а через Installous ты устанавливаешь .ipa приложения...
Программы из cydia у тебя никогда не сможет удалить itunes только при перепрошивке,
а вот все что ты ставишь через Installous он может без проблем удалить...
Принцип такой, все программы которые ты ставишь в Installous должны обязательно присутствовать в библиотеке itunes иначе при синхронизации не найдя их там он их удаляет, и с этим ничего нельзя поделать, просто старайся не забывать добавлять в библиотеку то что ты ставишь через Installous... это же не так трудно скопировать на комп и 2 раза щелкнуть мышкой по приложению)