В зависимости как диски подключены в компьютере, так он их и видит.
вот тебе пример из винды:
1-й диск (то есть нулевой) винда
2-й мой архив
3-й убунта стоит.
при установке загрузчика выбирал hd2.
Потом в биосе выбрал загрузку с 3-го диска и усё... как бы...