Еще кое-что. DGIndex определил разрешение кадра как 720х480, а вот при просмотре vob-файла плейером Crystal, тот говорит что разрешение кадра 720х576. Присмотревшись, в DGIndex, действительно, снизу обрезает, видимо по-этому появляются скачущие цветные полосы. Тогда надо понять, как это исправить и DGIndex смог бы правильно сохранить проект.
